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정부가 조정대상지역 내 일시적 2주택자에게 주던 양도소득세 특례 적용 기간을 3년에서 2년으로 줄이는 등 부동산 관련 세제를 다음 달부터 대대적으로 손질한다.

 

기획재정부는 29일 열린 제42회 국무회의에서 이 같은 내용을 담은 소득세법·종합부동산세법 시행령 개정안이 의결됐다고 밝혔다. 개정안은 오는 10월 1일 공포와 동시에 시행에 들어간다.

 

◆ 일시적 2주택 특례기간 단축…"규제지역 내 거래 속도 조절"

 

가장 눈에 띄는 변화는 일시적 2주택자에 대한 세제 혜택 축소다. 그동안 조정대상지역 안에서 기존 주택을 보유한 상태로 새 주택을 취득해 일시적으로 2주택자가 된 경우, 3년 안에만 종전 주택을 처분하면 1세대 1주택자와 동일하게 양도세 비과세 및 종합부동산세 특례를 받을 수 있었다.

 

이번 개정으로 이 유예기간이 2년으로 단축되면서, 새 주택을 산 뒤 종전 주택을 정리해야 하는 실질적인 시한이 1년 짧아지게 됐다. 이사나 갈아타기 목적으로 신규 주택을 매입한 다주택 보유자라면 주택 처분 계획을 앞당겨 세워야 할 필요가 생긴 셈이다.

 

◆ 매입임대 아파트 양도세 중과배제, '영구'에서 '기한부'로

 

두 번째 변화는 등록임대사업 제도의 핵심 축이었던 매입임대 아파트에 대한 세제 혜택 구조 자체를 바꾼다는 점에서 파급력이 크다. 지금까지는 조정대상지역 내 매입임대 아파트를 등록하면 다주택자 양도세 중과와 법인의 추가과세 대상에서 영구적으로 제외해 왔다. 그러나 개정안은 이 배제 혜택에 기한을 못 박았다.

 

원칙적으로 2026년 12월 31일까지만 적용하되, 의무임대기간이 아직 끝나지 않은 경우에는 그 종료일로부터 1년, 재건축·재개발 사업이 진행 중인 단지는 이전고시일로부터 1년까지 예외적으로 유예기간을 두기로 했다. 사실상 무기한으로 여겨졌던 세제 혜택에 종료 시점이 생기면서, 매입임대 등록을 통해 장기 보유 전략을 짜온 임대사업자와 관련 투자자들은 향후 세부담 변화를 새로 계산해야 할 것으로 보인다.

 

다만 임대사업자가 자신이 실제 거주하는 주택을 양도할 때 1세대 1주택자로 인정받아 비과세 특례를 받는 제도는 이번 개정에서도 그대로 유지된다. 임대주택 등록을 말소한 날로부터 5년 이내에 거주주택을 양도하면 특례를 받을 수 있다는 기존 기준에는 변화가 없다.

 

◆ 상생임대주택 특례는 예정대로 종료…유예기간 1년 부여

 

전월세 인상률을 5% 이내로 제한하는 대신 1세대 1주택 비과세 요건 중 거주 의무를 면제해주는 상생임대주택 특례는 애초 계획대로 올해 12월 31일 종료된다. 다만 갑작스러운 제도 종료로 인한 혼란을 줄이기 위해, 종료 시점 이후 1년, 즉 최대 2029년 12월 31일까지 양도하는 주택에 대해서는 특례를 계속 적용해주기로 했다. 이미 상생임대 계약을 맺고 특례를 기대해온 임대인 입장에서는 일정한 유예기간이 확보된 셈이지만, 제도 자체는 예고된 대로 막을 내리는 방향이 확정됐다.

 

◆ 비수도권 미분양 세제지원 1년 연장…지방 시장 숨통

 

지방 부동산 시장의 어려움을 감안해 비수도권 준공 후 미분양 주택에 대한 세제 지원은 적용 기한이 내년 12월 31일까지 1년 더 연장된다. 이에 따라 해당 주택은 계속해서 종합부동산세와 양도세 산정 시 보유 주택 수에서 제외되며, 기업구조조정 부동산투자회사(리츠)가 이런 미분양 주택을 매입할 경우에도 종부세 합산배제와 법인세 추가과세 배제 혜택이 그대로 유지된다. 수도권 대비 상대적으로 더딘 회복세를 보여온 지방 미분양 물량 해소에 세제 측면에서 일정한 지원 장치가 이어지는 셈이다.

 

◆ 한미전략투자기금, 증여세 비과세 단체에 추가

 

이번 개정안에는 부동산 세제와는 결이 다른 내용도 포함됐다. 한미전략투자기금이 증여세 비과세 혜택을 받는 공익단체 목록에 새로 추가된 것이다. 이에 따라 해당 기금에 대한 출연금은 증여세 부과 대상에서 제외된다.

 

[기자 코멘트]
이번 시행령 개정에서 가장 주목해야 할 대목은 일시적 2주택 특례기간 단축 자체보다, 매입임대 아파트에 대한 양도세 중과배제를 '영구'에서 '기한부'로 전환했다는 점이다. 등록임대사업 제도는 애초 정부가 임대차 시장 안정을 위해 다주택자들의 등록을 유도하며 설계한 정책 수단이었고, 그 핵심 유인 중 하나가 바로 세제 혜택의 항구성이었다.

 

그런데 이번 개정으로 이 혜택에 종료 시점이 생기면서, 제도의 신뢰성과 정책 일관성에 대한 의문이 제기될 소지가 있다. 특히 의무임대기간이 아직 남아 있는 사업자들 입장에서는 애초 가입 당시 기대했던 조건이 사업 중간에 바뀐 셈이어서, 형평성 논란으로 번질 가능성도 배제할 수 없다. 정부로서는 규제지역 내 매입임대를 통한 다주택 보유가 실수요 시장을 왜곡한다는 판단 아래 출구를 마련한 것으로 보이지만, 소급 적용 여부나 기존 등록 사업자에 대한 경과조치가 충분한지는 시행 이후 추가로 점검이 필요해 보인다.

 

한편 비수도권 미분양 세제지원 연장은 본지가 앞서 다뤄온 지방소멸대응 및 지방 재정자율성 관련 보도의 연장선에서 볼 필요가 있다. 수도권과 지방 간 부동산 시장 양극화가 좀처럼 좁혀지지 않는 상황에서, 세제 지원 같은 한시적 처방만으로 구조적 문제가 해소되기는 어렵다는 지적도 나온다.

 

매년 기한을 연장하는 방식이 반복되고 있다는 점에서, 차라리 명확한 출구 전략이나 항구적 제도화 여부에 대한 논의가 병행돼야 한다는 목소리에도 귀 기울일 필요가 있다. 일시적 2주택 특례기간 단축과 상생임대 특례 종료 예고는 모두 규제지역 내 다주택 보유에 대한 세제 혜택을 점진적으로 정상화하려는 흐름으로 읽히며, 실수요자 갈아타기 수요에 미칠 영향에 대해서도 후속 통계를 지켜볼 필요가 있다.

 

 

기사작성: 미디어코리아 박상찬 기자 mknews114@gmail.com